Niemal całe swoje kapłańskie życie spędził w Kazachstanie, dokąd trafił jako zesłaniec. Nawet kiedy mógł wrócić do Polski, zdecydował się zostać ze swoimi wiernymi.

"Żył długo, bo 100 lat bez mała, a do końca życia zachował świeżość umysłu i zdolność do pracy naukowej"

Był czas, kiedy w Związku Sowieckim Polacy masowo tracili życie tylko z powodu swojego pochodzenia i nazwiska. Jednym z elementów „Wielkiego terroru”, rozpętanego przez Stalina w latach 1937–1938, była tzw. „operacja polska”, w ramach której funkcjonariusze NKWD, pod zarzutem szpieg

30 stycznia 1930 r. Biuro Polityczne KC WKP(b) podjęło decyzję o rozpoczęciu „zsyłki kułackiej”.

31 października 1906 r. Marian Malinowski wyruszył, jak to sam określił, „w podróż w niewiadome na rządowy koszt”.

Zmarł na Syberii podczas jednej z ekspedycji naukowych 7 lipca 1892 r. (według kalendarza juliańskiego - 25 czerwca).