Niemal całe swoje kapłańskie życie spędził w Kazachstanie, dokąd trafił jako zesłaniec. Nawet kiedy mógł wrócić do Polski, zdecydował się zostać ze swoimi wiernymi.

25 lat ze swego długiego, trwającego niemal 90 lat życia, spędził na Sybirze: 10 lat za Bajkałem, a kolejnych 15 – w mieście Perm na Uralu. Trafił tam tylko dzięki carskiej „łasce”...

24 marca 1942 r. rozpoczął się pierwszy etap ewakuacji żołnierzy tzw. Armii Andersa ze Związku Sowieckiego do Persji. Łącznie ewakuowano około 78 tys. zesłańców, którzy wstąpili do polskiego wojska oraz 37 tys. cywilów, w tym około 18 tys. polskich dzieci.

31 października 1906 r. Marian Malinowski wyruszył, jak to sam określił, „w podróż w niewiadome na rządowy koszt”.

Zmarł na Syberii podczas jednej z ekspedycji naukowych 7 lipca 1892 r. (według kalendarza juliańskiego - 25 czerwca).