25 lat ze swego długiego, trwającego niemal 90 lat życia, spędził na Sybirze: 10 lat za Bajkałem, a kolejnych 15 – w mieście Perm na Uralu. Trafił tam tylko dzięki carskiej „łasce”...

Był czas, kiedy w Związku Sowieckim Polacy masowo tracili życie tylko z powodu swojego pochodzenia i nazwiska. Jednym z elementów „Wielkiego terroru”, rozpętanego przez Stalina w latach 1937–1938, była tzw. „operacja polska”, w ramach której funkcjonariusze NKWD, pod zarzutem szpieg

31 października 1906 r. Marian Malinowski wyruszył, jak to sam określił, „w podróż w niewiadome na rządowy koszt”.

Zmarł na Syberii podczas jednej z ekspedycji naukowych 7 lipca 1892 r. (według kalendarza juliańskiego - 25 czerwca).