Niemal całe swoje kapłańskie życie spędził w Kazachstanie, dokąd trafił jako zesłaniec. Nawet kiedy mógł wrócić do Polski, zdecydował się zostać ze swoimi wiernymi.

31 października 1906 r. Marian Malinowski wyruszył, jak to sam określił, „w podróż w niewiadome na rządowy koszt”.